Une nuit, Spirou et Fantasio sont seuls au château de Champignac quand débarque du XXIe siècle le chronoptère d'Aurélien, petit neveu du Comte et grand voyageur temporel. Aurélien est intéressé par un champignon fossile découvert le jour même par le Comte. Spirou et Fantasio se retrouvent donc bientôt cueillant des champignons, au temps des dinosaures. Mais au retour, un incident mécanique contraint les Chrononautes à un séjour forcé au Moyen-Age, où les attendent bien des surprises...