Suite à la découverte d'un gigantesque condor tout en or au coeur d'une cité désertée de ses habitants, Esteban et ses compagnons dorment à poings fermés . Le tonnerre gronde sur les Andes et un bref tremblement de terre réveille toute la troupe en sursaut. Les préoccupations sont multiples : pour Zia, cette secousse est le fruit de la colère de la déesse Pachamama. Sancho et Pedro, eux, n'ont d'yeux que pour le Grand Condor et le profit qu'ils vont pouvoir en tirer. Quoi qu'il en soit, tous admettent que cette cité n'est pas un endroit ordinaire et Mendoza, accompagné de Sancho et Pedro, partent explorer le sous-sol. Tao pense pour sa part que le Grand Condor est le fruit du génie de ses ancêtres : l'Empire de Mû.
Soudain, Pichu se fait entendre : un étrange objet est coincé dans le bec de l'oiseau d'or . Zia reconnaît un quipu, un message inca. Esteban grimpe sur le Grand Condor afin de s'en emparer . Tétanisé à cause de ses vertiges, Tao le rejoint. Tous deux atterrissent à l'intérieur d'un cockpit de pilotage et Tao souligne une ressemblance avec celui de Solaris. Le jeune garçon rappelle leur but premier : récupérer le quipu. Tao pousse soudainement un cri : il a glissé et se retrouve suspendu au bec du Grand Condor , plusieurs mètres au dessus du sol. Esteban tente de lui tendre la main, en vain. Tao réussit à arracher le quipu mais, emporté dans son élan, il chute. Par chance, Mendoza le rattrape et lui sauve la vie .
Tao tend le quipu à Zia pour qu'elle le déchiffre. La jeune fille affirme qu'un grand danger approchait de la cité et que les habitants se sont enfuis vers le pays maya. De plus, le Grand Condor aurait été en mesure de les aider. Tous s'interrogent quant à la signification de ce message : un danger ? Et comment le Grand Condor aurait-il été en mesure d'aider les habitants ?
Sancho et Pedro réapparaissent tout à coup, essoufflés. Ils affirment avoir découvert un couloir secret. Nous découvrons alors une trappe menant vers un souterrain aux parois décorées de mystérieux motifs. Nos amis l'empruntent et remarquent une chaleur s'intensifiant à mesure qu'ils descendent le couloir. Une lumière et un bruit sourd apparaissent et ils arrivent au coeur d'un cratère de lave en fusion . Ils comprennent alors que la montagne Pachamama est en réalité un volcan en activité, prêt à entrer en éruption. Un nouveau tremblement de terre se fait sentir : sans attendre, tous fuient vers la sortie du tunnel par lequel ils sont entrés, celui-ci s'effondrant derrière eux. Ils s'en sortent de justesse mais il ne s'agit que du début de l'éruption .
Le groupe se dirige alors vers la sortie de la cité, mais Pichu les avertit que les géants Urubus approchent Mendoza suggère de se réfugier à l'intérieur de la ville. En un éclair, l'espagnol récupère les deux pendentifs des enfants, ce qui a pour effet de déclencher la fermeture des murs de pierre de la ville.
Si nos amis sont désormais protégés des Urubus, le volcan quant à lui gronde de plus en plus fort. Des crevasses s'ouvrent et les murs des temples commencent à s'effondrer . Mendoza ordonne à la troupe de se réfugier dans le grand temple central, qui s'effondre aussi peu à peu.
Soudain, une ouverture dans le toit laisse passer un rayon de soleil sur le Grand Condor. L'oiseau s'illumine et s'abaisse lentement vers le sol . L'instinct de survie et leur confiance en l'Empire de Mû les pousse à monter dans le cockpit. Le souffle de l'éruption éjecte violemment l'oiseau d'or dans les airs et détruit le temple .
Toute la montagne explose et le Grand Condor amorce une longue descente en chute libre. Nos amis se demandent comment ils vont réussir à le commander. Zia remarque un emplacement représentant l'emblème du soleil. Esteban y place le médaillon trouvé dans la salle du temple. Tout à coup, le tableau de bord s'illumine , le cockpit se referme et les ailes du Condor se déploient. Le Grand Condor relève la tête et s'élance à toute vitesse dans les airs : nos amis ont été une fois de plus sauvés par le soleil ...